Село возникло в 1862 году в связи со строительством русского военного укрепления. Укрепление получило название по бывшему аулу Гуниб (с аварского Гуни-меэр — куча камней), который располагался на вершине плато и был разрушен в 1859 году. Укрепление являлось центром Гунибского округа. В 1895 году в нем располагались казармы Самурского полка и Терско-Дагестанской крепостной артиллерии, 29 дворов служащих, торговцев и отставных солдат, православная церковь, почтовая станция.
Природная гунибская крепость являлась последним оплотом имама Шамиля, была взята русскими войсками 25 августа 1859 года.
В 1986 году в Гунибе был открыт памятник «Белые журавли».
